События фильма «Чон-и» развиваются в самом ближайшем будущем, когда стремительное развитие глобального потепления стало непосредственной причиной того, что наша планета оказалась абсолютно непригодной для существования всей цивилизации, что заставило все население прятаться в специально созданных для этой цели искусственных сооружениях. В местах нового пребывания между находящимися там людьми вспыхивает конфликт, в скором времени превратившийся в настоящую гражданскую войну. Теперь наступление всеобщего мира самым непосредственным образом зависит от развития возможностей технологии клонирования человеческого мозга.

Ведущим военачальником, взявшим на себе командование союзными войсками, становится молодая женщина в генеральском звании по имени Чон-и. Героиня решается принять личное участие в эксперименте, целью которого является успешное создание клона человеческого интеллекта. Ответственность за благополучные результаты теста на клонирование разума должно взять на себя руководство лаборатории в лице Со Хён и Сан Хун.