Сериал Миссия Аметист - это шпионская история борьбы отечественной спецслужбы с зарубежными силами. Внешняя служба разведки Российской федерации получила срочные сведения о тайном агенте ЦРУ, который в скором времени намерен сделать все возможное, чтобы дискредитировать Россию на мировой арене. Помина агента большую роль в этой диверсии должна сыграть итальянская мафия. Но их планы сможет разрушить и остановить спящий агент по прозвищу Аметист. Им является русская женщина Елена Колмогорова. Она давно уехала и проживает в солнечной Италии, вышла замуж за одного из влиятельных членов мафиозной группировки.

Теперь девушке придется найти способ и предотвратить этот хитроумный план. Агентам помогает удача и мешают провалы, также их поджидает смертельная опасность, но желание остаться в живых все таки сильнее и у них есть долг перед родиной, который им обязательно нужно исполнить. Но способны ли они пожертвовать всем ради благополучия других людей или все таки есть грань, которую они не могут перейти.