В Отряд 99 входят пять клонов, в процессе создания которых вкралась ошибка, и все они становятся обладателями определенных свойств, резко отличающее их от обычных воинов. Тем временем генерал Таркин объявляет о том, что Республика преобразована в Империю. Перемены в политическом устройстве государства сразу бросаются в глаза героям сериала «Звездные войны: Бракованная партия», ведь накануне в бою каждый из них поучил специальный приказ, суть которого заключается в физическом устранении джедаев. Командир отряда засомневался в правильности боевого задания и позволил спастись бегством молодому человеку Подовану. Тем временем Таркин решает устроить бракованным клонам решающую проверку, в ходе которой против них применили боевое оружие.

Герои успешно выдерживают смертельно опасное испытание, поразив генерала своим нестандартным умением действовать в условиях повышенного риска. Однако клоны даже не подозревают, что по приказу Верховного правителя империи им вскоре придется отправиться выполнять еще один его безумный приказ.